PNSoft-Pro — версия ПО, которая, кроме функционала, включенного в версию PNSoft, реализует возможность мультиорганизационности, то есть в рамках одной системы создавать много взаимно независимых организаций, которые будут администрироваться и управляться самостоятельно. Данная лицензия не имеет дополнительных градаций и рассчитана на неограниченное количество точек прохода. В программный комплекс версии Professional включены все дополнительные надстройки, кроме модуля распознавания документов (модуль PNSoft-DS), который лицензируется и приобретается отдельно, и модуля PNSoft-WS, добавляющего в систему рабочие станции
Данная версия ПО ориентирована преимущественно на крупные распределённые объекты со сложной организационной структурой. При организации многосерверной топологии с данной версией ПО пользователь получает возможность настраивать мастер-сервер.